Năm 1549, Thánh Phanxicô Xaviê mang Tin mừng đến nước Nhật. Nhiều người đã lãnh nhận lời Chúa và được Thánh Phanxicô rửa tội… Vào năm 1587, nước Nhật đã có hơn 200.000 Kitô hữu. Công việc truyền giáo của các hội dòng ở đó phát triển mạnh mẽ.

Năm 1597, viên lãnh chúa người Nhật, Toyotomi Hideyoshi, nghe lời đồn nhảm của một lái buôn Tây Ban Nha xì xầm rằng những nhà truyền giáo một mai sẽ tra tay giúp người Tây Ban Nha và người Bồ Đào Nha san bằng nước Nhật.

Hideyoshi đã cho bắt 26 người, gồm 06 tu sĩ Phanxicô đến từ Tây Ban Nha, Mêhicô và Ấn Độ; 03 giáo lý viên người Nhật thuộc dòng Tên, kể cả thầy Phaolô Miki, và 17 giáo dân Nhật Bản tính cả trẻ em.

Họ được dẫn đến nơi hành quyết ở ngoại thành Nagasaki. Người ta trói chặt mỗi người vào một cây thánh giá bằng những sợi dây xích hoặc dây thừng và kẹp chặt những vòng sắt quanh cổ các ngài. Họ đã dùng dây và cần trục nhấc bổng mỗi thánh giá lên và đặt vào trong những chiếc lỗ được đào sẵn.

Từ trên thánh giá, 26 chứng nhân hát vang: “Chúng con ca ngợi Chúa là Thượng Đế, chúng con tuyên xưng Chúa là Chúa tể…”. Rồi thầy Phaolô Miki hùng hồn nói về Đức Kitô, kêu gọi tín hữu vững tin và mời gọi lương dân tìm hiểu Đạo.

Khi được lệnh, lý hình lấy giáo đâm mỗi vị hai nhát chéo xuyên qua ngực. Thầy Phaolô Miki và các bạn đã chết trên thập giá như Chúa Giêsu. Đó là ngày mùng 05/02/1597. Đức Giáo hoàng Piô IX đã tuyên phong Phaolô Miki và các bạn lên bậc Hiển Thánh năm 1862.